Le microbiote intestinal, souvent qualifié de "deuxième cerveau" du corps, joue un rôle central dans notre santé globale. Il est composé de milliards de micro-organismes, dont des bactéries, des virus, des champignons et des levures. Un microbiote équilibré est essentiel pour le bien-être général, agissant sur des aspects variés comme l’humeur, l’anxiété mais aussi sur la prévention des maladies en limitant le développement de bactéries pathogènes ou encore l’inflammation intestinale.
Il existe un lien entre la bonne santé du microbiote intestinal et notre propre bonne santé. Le microbiote intestinal se nourrit à partir de notre alimentation. La composition du microbiote intestinal est le reflet de notre alimentation. Du fait du contact étroit du microbiote intestinal avec l'alimentation, on peut s'interroger sur la relation entre le régime alimentaire de l'individu et la composition bactérienne du microbiote intestinal. De nos jours l’alimentation de l’Homme a changé de façon brutale au profit d’une alimentation industrielle déséquilibrée. On peut donc se demander quel est l’impact de ce nouveau régime alimentaire sur le microbiote intestinal.
Alors, vous êtes-vous déjà demandé comment améliorer votre microbiote ? Ce fragile équilibre de notre flore intestinale joue un rôle central dans notre santé, influençant notre digestion, notre immunité et même notre humeur. Vous vous sentez souvent ballonné ou fatigué ? Il est souvent qualifié de “deuxième cerveau” du corps en raison de son rôle crucial dans notre santé globale.
Améliorer son microbiote est essentiel pour une santé optimale. Adopter des habitudes alimentaires saines et éviter les facteurs nuisibles sont des clés pour restaurer une flore intestinale équilibrée. Prendre soin de son microbiote implique une approche holistique de la santé. Cela passe par une alimentation équilibrée et diversifiée, mais aussi par une activité physique régulière, un sommeil réparateur et une gestion efficace du stress.
Dans un premier temps, on parlera du microbiote intestinal à travers son acquisition et son évolution au cours de la vie. On verra les méthodes pour l’étudier, puis on abordera les fonctions du microbiote intestin lorsqu’il est en normobiose. Enfin on parlera de la dysbiose intestinal et ses conséquences pour la santé. Dans un second temps, on étudiera l’alimentation. On montrera l’impact de l’environnement sur l’alimentation, puis on parlera des grands bouleversements dans l’histoire de l’Homme qui ont impacté son régime alimentaire. On abordera les principes d’une alimentation équilibrée en se référant aux recommandations officielles. Dans un troisième temps on verra l’impact de l’alimentation moderne appelée Western diet sur le microbiote intestinal, ainsi que sa transmission à la descendance.
Le microbiote intestinal colonise les parois de l’estomac et des intestins où il se concentre surtout dans le côlon. Dans le système digestif, sa répartition est la suivante :
En conséquence, le rôle du microbiote intestinal sur notre santé est de mieux en mieux connu et reconnu. On sait désormais qu’il joue un rôle dans les fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et neurologiques. En conséquence, la dysbiose, c’est-à-dire l’altération qualitative et/ou fonctionnelle du microbiote intestinal, est une piste sérieuse pour expliquer certaines maladies, notamment parmi celles sous-tendues par des mécanismes auto-immuns ou inflammatoires. Cette thématique est devenue centrale pour la recherche biologique et médicale.
L’alimentation est l’un des facteurs les plus importants pour maintenir un microbiote sain. Pour favoriser un microbiote sain, il est recommandé de consommer des aliments riches en fibres. Cela inclut les fruits et légumes entiers (non mixés ou filtrés pour préserver les fibres), les produits céréaliers complets (comme le seigle ou l’avoine), les légumes secs et les fruits oléagineux.
Le microbiote intestinal assure son propre métabolisme en puisant dans nos aliments (notamment parmi les fibres alimentaires). Dans le même temps, les micro-organismes qui le constituent jouent un rôle direct dans la digestion :
Les fibres alimentaires, riches en prébiotiques, sont cruciales pour la floraison des bactéries intestinales bénéfiques. Les fibres résistantes à la digestion subissent une fermentation bactérienne, générant des acides gras à chaîne courte qui nourrissent la muqueuse intestinale, renforçant ainsi la résilience du microbiote.
Afin que le microbiote intestinal puisse préserver la santé humaine, les scientifiques recommandent, d’une part, une alimentation riche en glucides dits « facilement accessibles à notre microbiote », lesquels abondent dans les céréales complètes, les légumes, les noix par exemple ; d’autre part, la consommation d’aliments fermentés ; et, enfin, une limitation de la consommation de produits transformés. Au-delà des effets bien connus des fibres alimentaires sur la santé intestinale, d’autres nutriments incluant des glucides, protéines, graisses, vitamines, minéraux et des composés comme les polyphénols alimentaires (aux propriétés antioxydantes) peuvent également agir sur le microbiote intestinal. Ce que nous mangeons constitue ainsi le principal carburant de nos bactéries intestinales.
Pour favoriser un microbiote sain, il est recommandé de consommer des aliments riches en fibres. En effet, les prébiotiques sont des substances qui vont permettre aux bactéries de se nourrir et de se multiplier. Les probiotiques sont des micro-organismes vivants bénéfiques que l’on retrouve dans les aliments fermentés tels que les yaourts, le kéfir ou la choucroute. Les prébiotiques, quant à eux, ne sont pas des êtres vivants mais ils nourrissent ces micro-organismes. Il s’agit essentiellement de fibres qui ne sont pas digérées dans le système digestif « classique » et qui arrivent intactes dans le côlon où elles sont fermentées par les bonnes bactéries. Cette fermentation fournit de l’énergie et permet alors de stimuler la croissance et l’activité des bonnes bactéries afin d’améliorer la santé intestinale globale. On les trouve dans des aliments comme l’oignon, l’ail, la banane, les asperges, les artichauts, les pommes, la chicorée, les flocons d’avoine ou le seigle.
Les aliments fermentés résultent de la transformation d’un aliment par des microorganismes vivants (bactéries, levures). La transformation apporte à ce nouvel aliment une texture et un goût différents. Tous les aliments fermentés ne contiennent pas forcément des probiotiques étant donné que tous ne contiennent pas d’organismes vivants bien caractérisés et bons pour la santé. Par exemple, le yogourt est un bon exemple d’aliment fermenté contenant des probiotiques. Grâce aux bactéries qu’il contient (Lactobacillus acidophilus et Streptococcus thermophilus), le yogourt permet une meilleure digestibilité du lactose.
Aliments riches en probiotiques et prébiotiques
Quant aux symbiotiques, ce sont des compléments alimentaires qui combinent les avantages des probiotiques et des prébiotiques.
Certains éléments peuvent déséquilibrer le microbiote, conduisant à une dysbiose. Il est conseillé de limiter la consommation de sucre raffiné, d’acides gras saturés (présents notamment dans la viande rouge) et de produits ultra-transformés qui n’apportent pas ou peu de fibres et contiennent souvent des additifs. Il est donc recommandé de privilégier le fait maison.
Les aliments transformés représentent environ 50 % de l’apport calorique moyen en France. Malheureusement, ces transformations réduisent les nutriments essentiels. Elles peuvent perturber l’équilibre du microbiote et favoriser la croissance de bactéries néfastes.
Mieux vaut limiter les aliments et nutriments dont l’effet délétère a été démontré. C’est le cas :
À l’inverse, des aliments ciblés contribuent à enrichir le microbiote intestinal et à préserver la santé.
Voici un tableau récapitulatif des aliments bénéfiques et à éviter pour un microbiote sain :
| Aliments Bénéfiques | Aliments à Éviter |
|---|---|
| Fruits et légumes frais | Sucres raffinés |
| Céréales complètes (seigle, avoine) | Acides gras saturés (viande rouge, beurre) |
| Légumes secs | Produits ultra-transformés |
| Aliments fermentés (yaourt, kéfir, choucroute) | Acides gras trans (viennoiseries industrielles) |
| Fruits oléagineux | Excès d'oméga-6 (huile de tournesol, maïs) |
| Aliments riches en probiotiques |
En plus d’une alimentation saine, d’autres aspects de l’hygiène de vie sont cruciaux pour le microbiote. Il s’agit de maintenir une bonne hydratation, de pratiquer une activité physique régulière permettant ainsi de lutter contre la sédentarité, de veiller à avoir un sommeil réparateur et de gérer efficacement le stress.
Parce que prendre soin de sa symbiose c’est aussi prendre soin de l’hôte… Pour éviter d’être en dysbiose, il faut alors prendre soin de sa barrière intestinale, et limiter ce qui pourrait entraîner des états inflammatoires ou du stress oxydatif, et par suite augmenter le risque de cancer colorectal. De même, lorsque l’on est stressé ou anxieux, il y a libération dans le sang de cortisol qui a également un effet sur la perméabilité de la barrière intestinale. L’environnement dans lequel nous vivons et l’exposition à différents contaminants (dans l’air, l’eau) semblent également influer sur l’état de notre symbiose.
La diversité des microorganismes est le facteur clé de la symbiose. Une voie possible est alors d’en ingérer. C’est le principe des probiotiques. Ce sont des microorganismes vivants (bactéries ou levures) que l’on retrouve naturellement dans les produits fermentés, fromage, yaourt, choucroute crue, pain, etc. Ils peuvent être ajoutés à certains produits alimentaires, les yaourts en tête de file, ou encore consommés en compléments alimentaires. Les probiotiques ont des bienfaits sur notre microbiote pour deux raisons. La première est qu’ils apportent naturellement des microorganismes vivants qui augmentent la diversité de notre microbiote. La seconde est que le processus de fermentation opéré par les enzymes des microorganismes apporte aux aliments des métabolites d’intérêts variés pour le microbiote et plus largement pour notre santé.
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