Parmi les nombreuses branches des sciences du vivant, la Microbiologie est sans doute la plus complexe d'entre elles. Les organismes étudiés ont une certaine particularité, en effet leur petite taille, de l'ordre du micron, nécessite l'emploi d'une batterie de techniques pour les étudier, tel que la microscopie, les cultures etc... Ces micro-organismes, petits et invisibles, sont très nombreux et ils ont colonisé toute la biosphère en premier, y compris les environnements extrêmes qu'ils sont les seuls à occuper.
Durant ces trois séances de travaux pratiques, nous avons pu être initiés à diverses techniques de manipulations aseptiques et nous avons pu observer en immersion des bactéries à l'aide de coloration ou non, ou bien des milieux de gélose spécifiques à chacun. Nous avons également eu la possibilité de réaliser des tests pour déterminer des propriétés propres à certains micro-organismes. Toute précaution devait être prise, afin d'éviter les contaminations en manipulant ces bactéries, mais également afin d'éviter de fausser les résultats que nous avons obtenu lors de chacune de nos manipulations.
Ce compte rendu détaille plusieurs expériences clés réalisées lors des travaux pratiques, incluant l'étude de mélanges bactériens, des tests respiratoires, la réalisation d'antibiogrammes, le dénombrement de bactéries dans des produits alimentaires, l'observation de bactéries lactiques, l'examen de tartre dentaire et la coloration d'endospores bactériennes.
La quatrième étape de ce mélange bactérien est la réalisation de cultures pures sur deux milieux non sélectifs, le milieu EMB et le milieu D-Coccosel. Afin de vérifier qu'il n'y a bien 3 qu'une seule et unique colonie de bactérie dans chacun d'entre eux, nous allons utilisé de l'eau oxygénée, qui sera versée dans deux fioles, une pour chaque milieu.
Enfin, pour le milieu D-Coccosel, le milieu précédemment beige foncé, est devenu complètement gris, ce qui signifie que ce n'est pas un Streptocoque : on ne peut donc pas déterminer précisément l'espèce à laquelle appartient la colonie de coques présente dans le mélange bactérien, les coques ici sont donc soit des Staphylocoques, des Streptocoques ou des microcoques.
Nous avons réalisé un test respiratoire sur les bactéries Gram + également afin de préciser leur type de respiration.
La respiration se fait en haut et en bas du tube et nous voyons également une jonction entre les deux, c'est un filament, le type de respiration est donc aéro-anaérobie car le développement des bactéries s'effectue dans tout le tube.
Pour réaliser ce test, nous allons utiliser la méthode de diffusion sur gélose afin de rechercher une sensibilité aux antibiotiques chez les bacilles. La gélose utilisée est la gélose de Mueller-Hinton, qui a la particularité d'offrir une bonne diffusion antibiotique. Sur une boite de Pétri, nous disposons 6 à 8 gouttes de cultures pures du milieu EMB avec une pipette Pasteur. Avec un rateau, nous allons étaler les gouttes avec d'inoculer la totalité de la gélose.
Si le diamètre est supérieur au diamètre de référence la bactérie est sensible, s'il est inférieur au diamètre de référence la bactérie est résistante, et si le diamètre se situe entre les deux, la bactérie est dite intermédiaire.
Voici un exemple de résultats d'antibiogramme :
| Antibiotique | Symbole | Diamètre de référence (D) | Diamètre de référence (d) | Diamètre mesuré | Interprétation |
|---|---|---|---|---|---|
| Colistine | CM | 15mm | - | 28mm | Sensible |
| Gentamicine | GM | 16mm | - | 23mm | Sensible |
| Acide Nalidixique | NA | 20mm | - | 24mm | Sensible |
| Tétracycline | TE | 19mm | - | 20mm | Sensible |
| Érythromycine | E | 22mm | 15mm | 0mm | Résistant |
| Vancomycine | VA | 17mm | 14mm | 0mm | Résistant |
Nous observons que pour quatre antibiotiques, le Colistine, le Gertamicine, l'Acide Nalidixique et le Tetracycline, le diamètre de zone d'inhibition est supérieur au diamètre de référence : nous pouvons donc dire que la bactérie est sensible à ces quatre antibiotiques. Cependant l'Etythromicine et le Vancomycine n'ont pas provoqué de zone d'inhibition, cela signifie donc que l'antibiotique est résistant à ces antibiotiques.
Cette manipulation va nous permettre de déterminer le nombre de bactéries à partir de la norme, dans un aliment contaminé. Pour cela, nous effectuerons une série de suspensiondilution, plus nous effectuerons de dilutions, plus les colonies sont bien séparées.
Nous observons pour finir, des amas colorés en rose entre ces bactéries, ces masses protéiques ne sont autre que la caséine présente au sein de ces bactéries lactiques.
Cette expérience de prélèvement de tartre dentaire, nous a permis de nous rendre compte des diverses bactéries que nous pouvons trouver dans notre bouche. Le tartre résulte de la calcification de la plaque dentaire. Celle-ci se développe à partir des aliments qui n'ont pas été éliminé et des bactéries se trouvant naturellement dans la bouche.
Lors de la troisième et dernière séance, surtout basée sur de la coloration, nous avons coloré des spores de bacilles afin d'y observer la phénomène de sporulation et de déterminer de quelle bactérie il s'agit. Nous avons également effectuer une coloration de Gram sur un yaourt et sur un frottis buccal qui nous permet d'observer les particularités des microorganismes que nous avons trouvé.
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